PCR Multiplex: Neumonia

Tema: Un novedoso ensayo de PCR cuantitativa para la detección de Streptococcus pneumoniae utilizando el objetivo del gen regulador de competencia comX

Objetivo: Crear un nuevo método de detección de Streptococcus pneumoniae en hemocultivos para así desarrollar un tratamiento oportuno con antibióticos apropiados.

Muestra:  suero

Tipo de ácido nucleico a ser extraído: ADN bacterial

Extraccion de ADN: 

• Lisis: se procesó de acuerdo con las instrucciones del fabricante, se eluyó en 50 μl de agua sin ADNsa (Sigma) y se almacenó a -20 ° C hasta su uso posterior.
• Purificación: kit MagNA Pure 96 DNA y Viral NA Small Volume
• Separación: kit MagNA Pure 96 DNA y Viral NA Small Volume

Gen a amplificar: lytA y comX 

Número de pares de bases: 76 pb para lytA- CDC y 170 pb para comX

Tipo de PCR: PCR cuantitativa

La PCR se realizó en el 7500 PCR en tiempo real (Applied Biosystems) con los siguientes parámetros de ciclo: 10 min a 95 ° C
                                 50 ciclos de 95 ° C durante 15 s
                                 60 ° C durante 1 min.

La PCR se analizo utilizando 7500 Fast Systems Software (Applied Biosystems), con un umbral de 220 436 unidades de fluorescencia relativas (RFU) para comX y 86 559 RFU para lytA

Visualización: Amplicones en equipo de detección y fotografía.

Sensibilidad:  lytA -CDC fue del 103% y fue del 97% para comX
Especificidad: especificidad analítica del 100%.

Referencia bibliografica:

1. Marrit N. Habets, Amelieke JH Cremers, Martine P. Boss. Un novedoso ensayo de PCR cuantitativa para la detección de Streptococcus pneumoniae utilizando el objetivo del gen regulador de competencia comX [internet] Paises Bajos. 2016 [revisado 03 Jun 2018] Disponible en: http://www.microbiologyresearch.org/docserver/fulltext/jmm/65/2/129_jmm000204.pdf?expires=1531112522&id=id&accname=guest&checksum=83E3B2F22934F3B215432991A32FAAE0